対象はkindle paperwhiteの2014年版。212ppiの奴です。
えーと、手順１と手順２があります。 手順１については、お使いのOSに合わせて変えて下さい。

手順1 自炊本の余白を切り取る。

自炊本をkindle paperwhiteで読むと解像度の問題で、かなりぼやけます。
なので、できるだけ余白を削って、ページ本体の大きさを小さくします。

macの場合は、プレビューで出来てしまいます。詳しくはググれば手順がいっぱい出てくるのでそちらをどうぞ。
※しょうじきいって、すげー簡単です。

手順2 k2pdfoptを使う

k2pdfoptは、pdf最適化ツールです。各OS用のバイナリが落ちているのでそれを拾ってきて下さい。
あとは、最適化のオプションをどうするか！ですが、何回も試した結果、下記のオプションが最適と思っております！

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k2pdfopt -n- -wrap- -col 1 -vb -2 -w -1 -h -1 -dpi 240 -rt 0 -t- -f2p -2 -m 0 -om 0 -pl 0 -pr 0 -pt 0 -pb 0 -mc- ****.pdf 

大半の技術書はこれで問題なく読めます。自炊品質によっては、文字のぼやけが激しいですが、それでもなんとかいけるでしょう。

次のバージョンで300ppiになったら、多分そんなに手を加えなくても自炊本が読めるんじゃないかなと思っております。