ちょいと必要になったので、やってみた。

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find ./ -type d -name '.git' -prune  -o -type f -name "*" -print | xargs nkf --guess | grep Shift_JIS

上記ワンワイナーの./の箇所は任意のpathで大丈夫。 svnの場合は.gitの所を.svnに変えればOK。
最後のgrepの条件を変えれば、Shift_JIS以外もチェック出来る。 nkfは便利やのぉ。